January 2019 Webometrics released a top universities list based on the number of citations of their researchers on Google Scholar. I have been made a little modification by filtering only Indonesian universities, and the results are as follows:
| Rank | University | Citation |
| 1 | Universitas Gadjah Mada | 99254 |
| 2 | Universitas Indonesia | 54318 |
| 3 | Universitas Islam Negeri UIN Syarif Hidayatullah Jakarta | 39836 |
| 4 | Universitas Padjadjaran Bandung | 34705 |
| 5 | Institut Teknologi Bandung | 32859 |
| 6 | Universitas Pendidikan Indonesia | 30753 |
| 7 | Universitas Diponegoro | 26306 |
| 8 | Universitas Negeri Yogyakarta | 25376 |
| 9 | Universitas Mercu Buana | 21565 |
| 10 | Universitas Brawijaya | 19466 |
| 11 | Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya | 17639 |
| 12 | Universitas Islam Indonesia | 16450 |
| 13 | Institut Pertanian Bogor | 16135 |
| 14 | Universitas Sumatera Utara | 16015 |
| 15 | Universitas Airlangga | 15634 |
| 16 | Universitas Islam Negeri UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta | 15621 |
| 17 | Universitas Islam Negeri UIN Sunan Gunung Djati Bandung | 14827 |
| 18 | Universitas Muhammadiyah Malang | 14649 |
| 19 | Universitas Negeri Malang | 12789 |
| 20 | Universitas Negeri Surabaya | 11825 |
| 21 | Institut Teknologi Sepuluh Nopember | 11734 |
| 22 | Universitas Jember | 11277 |
| 23 | Universitas Syiah Kuala | 10778 |
| 24 | Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya | 9348 |
| 25 | Universitas Muhammadiyah Yogyakarta | 9054 |
| 26 | Universitas Negeri Medan | 8959 |
| 27 | Universitas Lambung Mangkurat | 8871 |
| 28 | Universitas Gunadarma | 8850 |
| 29 | Universitas Pendidikan Ganesha | 8693 |
| 30 | Universitas Negeri Jakarta | 8615 |
| 31 | Universitas Malahayati | 8218 |
| 32 | Universitas Terbuka | 8029 |
| 33 | Universitas Sebelas Maret UNS Surakarta | 7907 |
| 34 | Universitas Jenderal Soedirman | 7491 |
| 35 | Universitas Nasional | 7192 |
| 36 | Universitas Hasanuddin | 6702 |
| 37 | Universitas Islam Negeri UIN Walisongo Semarang | 6691 |
| 38 | (3) Sekolah Teknik Elektro dan Informatika Surabaya | 6685 |
| 39 | Universitas AMIKOM Yogyakarta | 6646 |
| 40 | Universitas Riau | 6523 |
| 41 | Universitas Kristen Duta Wacana | 6474 |
| 42 | Universitas Pasundan Bandung | 6438 |
| 43 | Universitas Lampung | 6434 |
| 44 | Telkom University | 6341 |
| 45 | Indonesian Computer University UNIKOM | 6185 |
| 46 | IAIN Parepare | 6157 |
| 47 | Universitas Bengkulu | 6100 |
| 48 | Universitas Katolik Parahyangan | 5902 |
| 49 | Universitas Pelita Harapan | 5891 |
| 50 | Universitas Kristen Satya Wacana | 5731 |
| 51 | Universitas Atma Jaya Yogyakarta | 5624 |
| 52 | Universitas Sriwijaya | 5590 |
| 53 | Universitas Tanjungpura | 5512 |
| 54 | Universitas Tarumanagara UNTAR | 5352 |
| 55 | Universitas Islam Negeri UIN Maulana Malik Ibrahim Malang | 5341 |
| 56 | Universitas Sam Ratulangi | 5313 |
| 57 | Universitas Sanata Dharma USD Sleman | 5204 |
| 58 | Universitas Negeri Makassar | 5003 |
| 59 | Universitas Pattimura | 4964 |
| 60 | Kwik Kian Gie School of Business (Institute Business and Informatics of Indonesia) | 4838 |
| 61 | Universitas Pamulang | 4794 |
| 62 | Universitas Halu Oleo Kendari | 4773 |
| 63 | Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi STIE Perbanas Surabaya | 4489 |
| 64 | Universitas Mataram | 4452 |
| 65 | Universitas Andalas | 4420 |
| 66 | Universitas Nusa Cendana | 4337 |
| 67 | Universitas Dian Nuswantoro | 4324 |
| 68 | Universitas Islam Negeri UIN Raden Fatah | 4306 |
| 69 | Universitas Stikubank UNISBANK Semarang | 4243 |
| 70 | Universitas Muhammadiyah Surakarta | 4218 |
| 71 | Universitas Islam Negeri UIN Sumatera Utara | 4216 |
| 72 | Universitas Saburai | 4205 |
| 73 | Universitas Negeri Padang | 4138 |
| 74 | Universitas Surabaya | 3933 |
| 75 | Politeknik Negeri Ujung Pandang | 3893 |
| 76 | Universitas Negeri Gorontalo | 3877 |
| 77 | Universitas Tadulako | 3830 |
| 78 | Universitas Pembangunan Panca Budi Medan | 3791 |
| 79 | Universitas Jambi | 3679 |
| 80 | Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi STIE YKPN Sleman Yogyakarta | 3598 |
| 81 | Universitas Kristen Maranatha | 3592 |
| 82 | Institut Agama Islam Negeri IAIN Surakarta | 3572 |
| 83 | Politeknik Negeri Medan | 3514 |
| 84 | i3L Indonesia International Institute for Life Sciences | 3501 |
| 85 | Universitas YARSI | 3446 |
| 86 | Politeknik Negeri Bandung | 3404 |
| 87 | Universitas Ma Chung | 3375 |
| 88 | Universitas Sains Al Quran | 3346 |
| 89 | Universitas Islam Negeri UIN Sunan Ampel Surabaya | 3320 |
| 90 | Universitas Islam Riau | 3219 |
| 91 | Institut Agama Islam Negeri IAIN Tulungagung | 3215 |
| 92 | Universitas Sultan Ageng Tirtayasa | 3019 |
| 93 | Universitas Pembangunan Nasional Veteran Yogyakarta | 3015 |
| 94 | Politeknik Elektronika Negeri Surabaya | 2978 |
| 95 | Universitas Bakrie | 2922 |
| 96 | Politeknik Negeri Malang | 2801 |
| 97 | Universitas Islam Nusantara | 2729 |
| 98 | Universitas Nurtanio UNNUR Bandung | 2729 |
| 99 | Politeknik Negeri Lhokseumawe | 2622 |
| 100 | Universitas Merdeka Malang | 2616 |
| 101 | Universitas Widyatama UTAMA Bandung | 2573 |
| 102 | Universitas Islam Malang | 2570 |
| 103 | Universitas HKBP Nommensen | 2559 |
| 104 | Universitas Pancasila | 2532 |
| 105 | Universitas Ibn Khaldun Bogor | 2471 |
| 106 | Universitas Pembangunan Nasional Veteran Jawa Timur | 2461 |
| 107 | Universitas Palangka Raya | 2417 |
| 108 | Politeknik Negeri Sriwijaya | 2393 |
| 109 | Swiss German University | 2376 |
| 110 | Universitas Islam Negeri UIN Alauddin Makassar | 2314 |
| 111 | Universitas Pakuan UNPAK Bogor | 2304 |
| 112 | (1) Universitas Widyagama Malang | 2289 |
| 113 | Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Indonesia STIESIA Surabaya | 2260 |
| 114 | Universitas Muhammadiyah Mataram | 2186 |
| 115 | Politeknik Negeri Jember | 2178 |
| 116 | Politeknik Negeri Semarang | 2128 |
| 117 | Institut Hindu Dharma Negeri Denpasar | 2119 |
| 118 | (1) Prasetiya Mulya Business School | 2049 |
| 119 | Universitas Malikussaleh | 2012 |
| 120 | Universitas Muhammadiyah Prof Dr Hamka | 2004 |
| 121 | Universitas President | 1964 |
| 122 | Universitas Wahid Hasyim UNWAHAS | 1946 |
| 123 | Poltekkes Jakarta III | 1893 |
| 124 | Sampoerna University | 1887 |
| 125 | Institut Agama Islam Negeri IAIN Raden Intan | 1879 |
| 126 | Institut Pemerintahan Dalam Negeri IPDN | 1878 |
| 127 | Institut Seni Indonesia Yogyakarta Bantul | 1851 |
| 128 | Institut Kalbis | 1839 |
| 129 | Universitas Paramadina | 1837 |
| 130 | Institut Sains dan Teknologi Nasional ISTN | 1812 |
| 131 | Universitas Narotama UNNAR Surabaya | 1808 |
| 132 | Universitas Islam Negeri UIN Ar Raniry | 1779 |
| 133 | Universitas Islam Negeri UIN Sultan Syarif Kasim Riau | 1777 |
| 134 | Sekolah Tinggi Ekonomi Pembangunan Tanjungpinang | 1774 |
| 135 | Universitas Bina Darma | 1767 |
| 136 | Universitas Binus Nusantara | 1767 |
| 137 | Institut Agama Islam Negeri IAIN Purwokerto | 1738 |
| 138 | Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa | 1714 |
| 139 | Akademi Manajemen Informatika dan Komputer Bina Sarana Informatika | 1708 |
| 140 | Universitas Janabadra | 1701 |
| 141 | Universitas Mahasaraswati Denpasar | 1630 |
| 142 | Universitas Prasetiya Mulya | 1558 |
| 143 | Universitas Negeri Manado | 1543 |
| 144 | Poltekkes Jakarta II | 1542 |
| 145 | Universitas Muhammadiyah Surabaya | 1540 |
| 146 | Universitas Garut UNIGA | 1533 |
| 147 | Poltekkes Yogyakarta | 1515 |
| 148 | Institut Teknologi Nasional ITN Malang | 1514 |
| 149 | Universitas PGRI Adi Buana Surabaya | 1501 |
| 150 | Universitas 17 Agustus 1945 UNTAG Surabaya | 1481 |
| 151 | Universitas Bosowa | 1480 |
| 152 | Institut Agama Islam Negeri IAIN Syekh Nurjati Cirebon | 1472 |
| 153 | Universitas Muria Kudus | 1465 |
| 154 | Universitas Siliwangi | 1465 |
| 155 | Universitas Katolik Santo Thomas | 1460 |
| 156 | Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi STIE Kesatuan Bogor | 1458 |
| 157 | Universitas Islam Sultan Agung Semarang | 1455 |
| 158 | Universitas Darma Persada UNSADA | 1416 |
| 159 | Universitas Surya | 1405 |
| 160 | Universitas Muhammadiyah Sidoarjo | 1338 |
| 161 | Universitas Madura | 1338 |
| 162 | Universitas Kristen Krida Wacana | 1318 |
| 163 | Universitas Maritim Raja Ali Haji | 1314 |
| 164 | Universitas Teknologi Sumbawa | 1247 |
| 165 | ||
| 166 | Universitas Papua Manokwari | 1223 |
| 167 | Institut Teknologi Indonesia | 1186 |
| 168 | Universitas Bandar Lampung | 1181 |
| 169 | Institut Teknologi Nasional Bandung | 1148 |
| 170 | Universitas Budi Luhur | 1125 |
| 171 | Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan STKIP Muhammadiyah Sidrap | 1118 |
| 172 | Universitas Pertamina | 1108 |
| 173 | Politeknik Negeri Batam | 1106 |
| 174 | Universitas Muhammadiyah Aceh UNMUHA | 1105 |
| 175 | Universitas Teknologi Yogyakarta | 1083 |
| 176 | Universitas Tribhuwana Tunggadewi | 1082 |
| 177 | Universitas Dr Soetomo Surabaya | 1078 |
| 178 | Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara | 1075 |
| 179 | Universitas Muhammadiyah Semarang | 1060 |
| 180 | Universitas Pembangunan Nasional Veteran Jakarta | 1035 |
| 181 | Universitas Borneo Tarakan | 1033 |
| 182 | Universitas Prima Indonesia | 1031 |
| 183 | Institut Sains dan Teknologi AKPRIND Yogyakarta | 1026 |
| 184 | Universitas Muslim Indonesia Makassar | 1019 |
This ranking has a weakness because not all scientific article authors have a Google Scholar account. Likewise with weaknesses in the article claim process by an author is not equipped with adequate authentication. So the number of citations becomes invalid.